明清時(shí)期，隨著民族英雄鄭成功將臺灣收回祖國的懷抱、大陸移民紛紛赴臺拓墾和統(tǒng)治階級對臺灣的加強(qiáng)管理，儒學(xué)也隨之進(jìn)入了臺灣，并對臺灣的社會及文化教育產(chǎn)生了重大的影響。　

　　有“全臺首學(xué)”之稱的臺南孔廟落成于明永歷二十年（1666年），是全臺灣建成的第一座孔廟，也是鄭成功收復(fù)臺灣后在臺灣建立的第一所高等學(xué)府，因?yàn)樵诖酥埃_灣沒有任何比較正規(guī)的中國文化教育設(shè)施（比如私塾、學(xué)校之類的），因此，臺南孔廟的建立標(biāo)志著儒學(xué)正式進(jìn)入了臺灣，成為臺灣教育發(fā)展史上的一個(gè)重要里程碑。它掀開了臺灣教育史的嶄新的一頁，中華傳統(tǒng)文化及教育由此在臺灣島上傳播開來。　

　　孔廟內(nèi)設(shè)立“太學(xué)”，時(shí)任監(jiān)軍御史陳永華被嗣王鄭經(jīng)任命為“學(xué)院”，也就是太學(xué)的主持。由此在臺灣島上，開始建起了較為完整的教育體系：最高為太學(xué)，相當(dāng)于高等教育；府設(shè)府學(xué)，州設(shè)州學(xué)，為中等教育；鄉(xiāng)設(shè)鄉(xiāng)學(xué)，即鄉(xiāng)塾，為初等教育。所學(xué)內(nèi)容，以講授三字經(jīng)、千字文和儒家經(jīng)典為主。那時(shí)規(guī)定：“凡民八歲入學(xué)，課以經(jīng)史文章”。接著，在臺灣也開始實(shí)行了科舉制度：每三年州試一次，州試入選者又經(jīng)府試、院試，取進(jìn)者入太學(xué)；最后每三年一大試，成績佳者即可入朝為官。　

　　自此以后，臺灣的文風(fēng)初開，古老的中國傳統(tǒng)文化開始播撒在臺灣的土地上，并逐漸綻放出美麗的光彩。隨著清朝政府對臺灣的加強(qiáng)管理，歷任的巡臺長官都親自兼任臺灣的學(xué)政（教育長官），凡設(shè)立的府縣均設(shè)立府縣儒學(xué)。因儒學(xué)是地方政府的官辦學(xué)校，大多設(shè)于各府縣的文廟（即孔廟）內(nèi)，所以孔廟就成為儒教的主要活動場所。在臺灣的孔廟中，最著名的就是臺南孔廟和臺北孔廟。　

　　臺南孔廟恢弘莊嚴(yán)，大成殿是全廟的建筑中心，大殿內(nèi)主祀孔子的靈牌，正上方懸有數(shù)塊橫匾，多為歷代皇帝所題。與一般的神廟不同，孔廟的大成殿內(nèi)只有神位，沒有神像，更沒有香煙繚繞，酒肉陳雜的現(xiàn)象，充分體現(xiàn)孔子作為至圣先師的特點(diǎn)。后殿為崇圣殿，祀孔子五代神位，整個(gè)孔廟的建筑風(fēng)格和配置，與內(nèi)地的孔廟別無二致。每年9月28日孔子誕辰日，臺南市政府都在孔廟內(nèi)舉辦盛大的祭奠，前來參典的官員、商賈、市民等近萬人，祭奠之盛不遜于臺北孔廟。　

　　臺北孔廟又稱“文廟”，始建于明末永歷十九年（清康熙四年，1665年），為鄭成功參軍陳永華倡建。后遭遇日本侵略者毀滅性的破壞。1925年，臺灣人民決定重建孔廟，歷經(jīng)艱辛，終于在1939年竣工，又經(jīng)修繕擴(kuò)充，孔廟已恢復(fù)昔日巍峨崇宏的面貌，被譽(yù)為“正統(tǒng)南中國式的孔廟”。因此，臺北孔廟又是臺灣人民反抗外來文化侵略，堅(jiān)持民族文化傳統(tǒng)的見證。每年9月28日在此舉行祭孔大典。祭禮由臺北市政府主持，儀禮悉依古制，參祭者要穿古服，獻(xiàn)犧牲，舞八佾，奏大雅之樂；整個(gè)祭奠肅穆、莊嚴(yán)、隆重。　

　　在孔廟的屋脊上，通常都有一對以上的竹形圓筒。竹筒代表著儒家士大夫的氣節(jié)，所以孔廟中竹筒是不可缺少的。與一般宗教的寺廟不同，在歷史上，孔廟從來都是從事教育活動的場所。　

　　除了臺南孔廟和臺北孔廟外，凡是清朝設(shè)有府治或縣治的地方，像臺中、新竹、彰化以及高雄、屏東、嘉義等地，都有孔廟。如彰化孔廟，始建于雍正四年（1726年），歷經(jīng)擴(kuò)建修葺，廟貌崇宏，可惜在二次世界大戰(zhàn)中被炸毀。臺灣人民于1972年在舊址上重新建起了一座規(guī)模更加宏大、廟貌更加莊嚴(yán)的孔廟。由此可以看到臺灣同胞對祖國傳統(tǒng)文化的重視和敬仰。